Los microorganismos bacterianos constituyen una buena parte de la biodiversidad de nuestro planeta y la importancia de su conocimiento y preservación se ha incrementado a medida que se descubren sus múltiples utilidades en diferentes campos. La conservación se puede hacer por diferentes métodos y uno de los que brinda mejores resultados es la congelación; por ello se realizó este proyecto cuyo objetivo fue evaluar los efectos de la congelación en 18 especies bacterianas autóctonas de la colección de cultivos del Programa de Bacteriología de la Universidad Colegio Mayor de Cundinamarca, Bogotá- Colombia. Los microorganismos incluidos en el estudio, se seleccionaron teniendo en cuenta la variabilidad de actividad metabólica entre especies y su importancia clínica, industrial, biotecnológica o ambiental. Los resultados obtenidos fueron similares en las especies analizadas y aunque en algunas se observó dificultad para recuperar su viabilidad y actividad metabólica en la primera siembra, después de esta presentaron una mejor respuesta; lo que permitió concluir que la estabilidad fenotípica y genotípica de los microorganismos estudiados, no parece depender del medio de cultivo ni del conservante utilizado, sino de los procedimientos de congelación y descongelación con los cuales se realiza el experimento. La recomendación del grupo investigador es establecer estandarizaciones y protocolos propios que garanticen la viabilidad y estabilidad bioquímica de los microorganismos que se conserven por este método.